従来バージョンのソフトウェアがインストールされた環境に、新しいバージョンのソフトウェアをインストールするのではなく、まったく新規にソフトウェアをインストールすること。OS などでは、フォーマット済みのハードディスクに最初からインストールすること (そのようにして最初からインストールし直すこと) を指します。
このクリーン・インストールに対し、従来バージョンがインストールされた環境に新バージョンのソフトウェアを上書きインストールすることはアップグレード・インストールなどと呼ばれます。
アップグレード・インストールでは、旧バージョンで行った各種ソフトウェア設定などが引き継がれるという長所があります。しかし、何らかの理由でソフトウェアの挙動が不正になったときなどは、これを初期状態に戻す意味で、意図的にクリーン・インストールを行う場合があります。